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Un de ses cousins, prénommé Jefferson Alexander, est également cycliste professionnel[1].
En 2017, après être monté sur le podium des moins de 23 ans au Tour de San Juan, au mois de janvier[2], Jefferson Cepeda a attendu vainement d'être aligné dans une autre course par sa nouvelle formation Bolivia. En proie à des difficultés financières, son équipe ne l'a pas emmené en Europe, comme il était prévu. Au mois d'avril, n'ayant toujours pas reçu un seul centime de sa formation, il se met en relation avec le manager de sa précédente équipe Ecuador, qui lui propose de le réintégrer. Début mai, convoqué à la fois pour disputer le Tour de la communauté de Madrid avec "Bolivia" et les Championnats panaméricains avec sa sélection nationale, toujours non payé, le résident d'El Playón de San Francisco (Sucumbíos) privilégie la solution équatorienne et participe aux championnats. N'appartenant plus officiellement (selon l'UCI) à la formation bolivienne, il intègre peu après le "Team Ecuador". En prenant le départ de la Clásica Binacional “Ampliamos Vías y Unimos Fronteras”, Cepeda dispute sa première compétition de l'année avec celle-ci[3].
En , après avoir remporté les titres nationaux sur route et du contre-la-montre[4], Jefferson Cepeda signe pour la section amateur de l'équipe Caja Rural-Seguros RGA[5], puis rejoint l'équipe professionnelle en .
