Il participe à tous les matchs (162) de son équipe lors des saisons 2006 et 2007, devenant l'un des quatre joueurs de l'histoire de la franchise à réussir la chose[3]. À sa deuxième année, il frappe pour ,260 avec 29 coups de circuit et 103 points produits, et en 2007, il frappe 19 circuits et fait marquer 105 points. Il remporte le Gant doré à la position de voltigeur.
Francoeur connaît des difficultés en 2008 et voit sa moyenne au bâton chuter à ,239.
Après 82 parties en 2009, il ne frappe que pour ,250 lorsque les Braves l'échangent aux Mets de New York en retour d'un autre voltigeur de droite, Ryan Church[4].
Mets de New York
Francoeur frappe pour ,311 avec 10 circuits et 41 points produits dans les 75 dernières parties de la saison 2009, passées chez les Mets. Il termine donc l'année avec 15 circuits, 76 points produits et une moyenne de ,280.
Après avoir frappé 18 coups sûrs en 15 parties et maintenu une moyenne de ,340 avec les Rangers dans le dernier droit de la saison, Francoeur participe aux séries éliminatoires, mais connaît peu de succès avec seulement trois coups sûrs en 24 apparitions officielles au bâton. Il est notamment blanchi pendant la Série mondiale qui voit les Rangers s'avouer vaincus face aux Giants de San Francisco.
En , Francoeur devient agent libre. Le 8 décembre, il rejoint les Royals de Kansas City, avec qui il signe un contrat d'un an pour 2,5 millions de dollars. Les Royals détiennent aussi une option sur Francoeur pour la saison 2012[6].
En 2011, il connaît sa meilleure saison en offensive depuis 2007 alors qu'il frappe 20 circuits et produit 87 points. Ses 171 coups sûrs représentent son deuxième plus haut total en carrière et il maintient une moyenne au bâton de ,285.
En 2012, il frappe pour ,235 avec 16 circuits et 49 points produits en 148 matchs pour les Royals. Sa moyenne de présence sur les buts passe de seulement ,329 la saison précédente à ,287 en 2012.
Il est libéré par les Royals le après 59 parties jouées. Sa moyenne au bâton est alors à ,208, sa moyenne de présence sur les buts à 249 et sa moyenne de puissance à seulement ,322.
Giants de San Francisco
Francoeur signe un contrat des ligues mineures avec les Giants de San Francisco le [7]. Il ne frappe que 12 coups sûrs pour une moyenne de ,194 en 22 matchs des Giants. Francoeur termine sa saison 2013 avec une moyenne au bâton de ,204 et une moyenne de présence sur les buts de ,298. Il récolte au total 50 coups sûrs, dont 3 circuits, et 17 points produits en 81 parties jouées pour Kansas City et San Francisco.
Le , Francoeur signe un contrat des ligues mineures avec les Phillies de Philadelphie[14]. Il connaît en 2015 sa meilleure saison depuis des années, avec 13 circuits, 45 points produits et une moyenne au bâton de ,258 en 119 matchs joués pour les Phillies.
Retour à Atlanta
Le , Francoeur signe un contrat des ligues mineures avec sa première équipe, les Braves d'Atlanta[15].
Marlins de Miami
Le , Francoeur passe aux Marlins de Miami dans un échange à trois clubs impliquant les Braves d'Atlanta et les Rangers du Texas. La saison 2016 de Francoeur est sa dernière dans les majeures. Il compile 7 circuits et 34 points produits tout en frappant pour ,254 de moyenne au bâton en 125 matchs joués au total, les 99 premiers avec les Braves et les 26 suivants avec Miami.
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