À l'emploi des Red Sox de Boston de 2002 à 2009, Jed Hoyer est assistant aux opérations baseball les deux premières années puis promu au poste d'assistant spécial du directeur-gérantTheo Epstein en 2005. Lorsque ce dernier quitte son poste le pour revenir dès janvier suivant, Hoyer fait partie avec Ben Cherington, Bill Lajoie et Craig Shipley de « la bande des quatre » co-directeurs-gérants. Au retour d'Epstein en janvier 2006, Hoyer est son assistant jusqu'en 2009.
Le , Jed Hoyer est nommé directeur-gérant des Cubs de Chicago. Il est engagé par son ancien patron, Theo Epstein, devenu président des Cubs deux semaines plus tôt. La nouvelle équipe de direction, qui hérite d'un club médiocre en période de reconstruction, espère chez les Cubs réaliser un tour de force similaire à celui accompli à Boston, où les Red Sox avaient en 2004 remporté leur première Série mondiale en 86 ans. Les Cubs n'ont de leur côté toujours pas gagné de titre ultime depuis 1908.
De 2012 à 2014, les Cubs terminent derniers de leur division, allongeant à cinq années leur série de saisons passées au dernier échelon de la section Centrale de la Ligue nationale[4]. Ces années sont consacrées à la reconstruction d'un effectif de ligues mineures qui pourra éventuellement mener la franchise des majeures à plus de succès. Durant ces années se développent des joueurs d'avenir tels Kris Bryant[5], Héctor Rondón[6], Jorge Soler, Javier Baez et Arismendy Alcantara[7]. En , un échange avec les Padres amène à Chicago Anthony Rizzo, le jeune joueur que Hoyer avait obtenu en transigeant pour San Diego un an et demi plus tôt[8]. En prévision de la saison 2015, les Cubs mettent en action la phase suivante et commencent à attirer de grosses pointures : le nouveau gérantJoe Maddon[9] et l'ancien lanceur vedette des Red Sox, Jon Lester[10].
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