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Né à Paris "au pied de la Butte", Jean Rubak pratique le théâtre, la musique (violon) et participe notamment à l'aventure des Arts Florissants, sous la direction de William Christie. Dans le domaine de l'animation, sa rencontre avec Paul Grimault est déterminante. À partir du début des années 1970, il réalise ses propres courts métrages comme Les Chouettes (1967) ou Animose (1971) avec le dessinateur Mose. Proche de René Laloux et de Jacques Colombat, il est assistant à la mise en scène de ce dernier sur son long-métrage Robinson et compagnie (1991). Par la suite, il dirige pendant dix ans le studio d'animation de Médialab[1] à Paris dans le cadre duquel il réalise des films publicitaires et institutionnels. Il poursuit parallèlement la réalisation de courts métrages personnels comme Les Noces de Viardot[2] (1999), La Politesse des rois (2001). En 2003, il co-signe avec Xavier Kawa-Topor le long-métrage Les Contes de l'Horloge Magiqueadapté des œuvres de Ladislas Starewitch[3]. Enseignant à l'École des Beaux Arts de Poitiers[1], Jean Rubak réalise, à l'occasion du Festival international du film de La Rochelle, plusieurs films d'animation dans le cadre d'ateliers à la prison de l'Ile de Ré[4] et donne naissance à Par ici la sortie[5] et un film de 55 minutes, composé de 6 courts métrages et co-réalisés avec Amélie Compain[6]. En 2010 il présente Comme un poisson dans l'eau[7],[8].
Jean Rubak est le fils de Simon Rubak, théoricien du mouvement Spartakus.