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La mort de son frère aîné Albert III en 1359 fait de Jean le seul héritier de son père car son autre frère aîné Rodolphe (mort le ) a été ordonné prêtre. Il devient chanoine de la cathédrale de Magdebourg et évêque de Schwerin en 1365.
En 1362, Jean II hérite de la principauté d'Anhalt-Zerbst, mais tout d'abord conjointement avec son oncle Valdemar Ier jusqu'à sa mort en 1368, puis avec son cousin-germain Valdemar II, qui meurt sans descendance moins de quatre ans plus tard en 1371. Après la mort de ce cousin Jean II devient le seul souverain d'Anhalt-Zerbst.
Union et postérité
En 1366 Jean épouse Elisabeth (morte à Dessau, après le ), fille de Jean Ier, Comte de Henneberg-Schleusingen. Ils ont quatre enfants:
Agnès (morte avant le ), épouse avant Burchard de Schraplau ;
Anthony Stokvis, Manuel d'histoire, de généalogie et de chronologie de tous les États du globe, depuis les temps les plus reculés jusqu'à nos jours, préf. H. F. Wijnman, éditions BrillLeyde 1890-1893, réédition 1966, volume III, chapitre VIII « Généalogie de la Maison d'Anhalt, I » et tableau généalogique no 126.
