Après avoir envisagé de se rendre en Prusse, il quitte Paris en 1752 car, sur proposition du ministre de la Marine, la Compagnie des Indes décide de l'envoyer à l'Île-de-France (actuelle île Maurice) pour y établir un laboratoire afin de fournir leurs comptoirs en médicaments et y créer un jardin botanique. Il y travaille comme apothicaire durant neuf ans.
Tout en réalisant sa mission (pharmacie et création du Jardin de Pamplemousse), Fusée-Aublet se montre un bon administrateur. Ami de Jean-Jacques Rousseau, Fusée-Aublet ne cesse de dénoncer la condition des esclaves autochtones ce qui lui crée de nombreux ennemis dans l'île.
Il entre également en conflit avec Pierre Poivre : au retour d'une mission secrète pour la compagnie des Indes, Poivre rapporte des plants et semences de Muscadiers et de Girofliers que Fusée-Aublet qualifie de faux (« prétendus muscadiers »)[3] et les identifie comme des calaba de Plumier ou des noix d'arec[4].
Pierre Poivre confie à divers habitants ses plants en état plus ou moins bon, plants qui ne survivront pas. Poivre accuse fallacieusement Fusée-Aublet d'en être responsable, en raison d'une jalousie ou d'une trahison liée à une "mission secrette qu'il avait reçue des ennemis de [son] projet". Il écrit lettres et mémoires, notamment au conseil supérieur de l'île, pour rendre Fusée-Aublet responsable de l'échec de ses missions[5],[6],[7].
La tension à son encontre culmine en 1761 lorsqu'il affranchit tous ses esclaves et se met en ménage avec Armelle Conan (indigène de l'île Maurice) de laquelle il aura deux fils (Alexandre et Charles) et une fille. Seule Charles a survécu à l'âge adulte. Il dû rentrer précipitamment à Paris en 1762. La même année il crée un jardin botanique à Salon-de-Provence au quartier de Canourgues ; il y introduit des catalpas, des tulipiers et des érables.
À peine revenu en France il est sollicité pour se rendre en Guyane. Il reçoit le un ordre du Ministre de se rendre dans ce pays en tant qu'apothicaire botaniste du roi. Il arrive à destination le . À son arrivée, il est hébergé un temps à l'habitation Loyola, jusqu'à ce qu'il se brouille avec les pères Jésuites. Dans ce pays pratiquement inexploré Fusée-Aublet constitue un très important herbier.
Il rentre à Paris en 1765 en apportant son riche herbier. Il fait vérifier par Bernard de Jussieu ses descriptions et ses dessins avant de les faire graver. Cela lui permet de faire paraître son Histoire des plantes de la Guiane françoise, Paris, 1775, ornée de près de 400 gravures en taille-douce. Il est l’auteur de diverses publications sur les objets et le commerce de la Guyane.
Il épouse sa concubine Armelle Conan le lundi 22 mai 1775[8],[9] à Paris, reconnaissant en même temps son fils Charles. Trois ans plus tard, il meurt le 6 mai 1778 à Paris.
Herbier
La majeure partie de l'herbier, les notes et les dessins originaux de Fusée-Aublet furent acquis par Sir Joseph Banks illégalement (ils étaient légalement la propriété du roi de France) et rapatriés à Londres, où ils sont depuis conservés à l'herbier du British Museum[10],[11].
Jean-Jacques Rousseau (1712-1778) entre en possession d'une autre partie de l'herbier de Fusée-Aublet trois mois avant sa mort, mais cet herbier ne sera redécouvert que bien plus tard[12] et ce n'est qu'en 1953 qu'il rejoint les autres herbiers du Muséum national d'histoire naturelle.
↑Cité par [Allain 2004] Yves-Marie Allain, « La guerre des épices », dans Philippe Morat, Gérard-Guy Aymonin et Jean-Claude Jolinon (dir.), L’Herbier du monde. Cinq siècles d’aventures et de passions botaniques au Muséum national d’histoire naturelle, Paris, Muséum national d’histoire naturelle de Paris, et Les Arènes/L’iconoclaste, 239 p. (SUDOC082033501), p. 54-61.
↑[Allorge & Ikor 2003] Lucile Allorge et Olivier Ikor, La fabuleuse odyssée des plantes, éd. Jean-Claude Lattès, (réimpr. 2006 ; 2008 (Hachette littératures) ; 2009 (Hachette littératures)), 727 p. (ISBN978-2-7096-2327-8, OCLC319789454, SUDOC075095556, présentation en ligne), p. 384-386.
↑[Stafleu & Cowan 2015] (en) F.A. Stafleu et R.S. Cowan, « Aublet, Jean Baptiste Christophe Fusee (1720-1778), French explorer and botanist, founder of the knowledge of the flora of Guyana. (Aubl.) », Taxonomic literature, ed. 2, vol. 1 « A–G », , p. 79-80 (DOIhttps://dx.doi.org/10.5962/bhl.title.48631, lire en ligne [sur biodiversitylibrary.org]).
↑[Delprete 2015] (en) Piero Delprete, « Typification and etymology of Aublet’s Rubiaceae names », Taxon, vol. 64, no 3, , p. 595-624 (DOI10.12705/643.13, lire en ligne [PDF] sur researchgate.net).
[Aillaud, Georgelin & Tachoire 2002] Georges J. Aillaud, Yvon P. Georgelin et Henri Tachoire, Marseille. 2 600 ans de découvertes scientifiques, Publications de l'Université de Provence, , 397 p. (ISBN9782853995160).
[Aillaud, Ferrari & Hazzan 1982] Georges J. Aillaud, Jean-Patrick Ferrari et Guy Hazzan, Les botanistes à Marseille et en Provence du XVIe au XIXe siècle, Marseille, Ville de Marseille, , 136 p..
[Charliat 1957] Pierre-Jacques Charliat, Le temps des grands voiliers (t. III de Histoire Universelle des Explorations, dir. L.-H. Parias), Paris, Nouvelle Librairie de France, , p. 139.
[Allorge, Bordenave & Hoff 2001] Allorge L., B. Bordenave et M. Hoff, « L’exploration botanique en Guyane française », 123e Congrès National des Sociétés Historiques & Scientifiques, « Antilles - Guyane 1998, Histoire Naturelle », , p. 159-172 (lire en ligne [PDF])
[Plotkin, Boom & Allison 1991] (en) Mark J. Plotkin, Brian M. Boom et Malorye Allison, « The ethnobotany of Aublet's Histoire des plantes de la Guiane françoise (1775) », Monographs in systematic botany from the Missouri Botanical Garden, Lawrence, Kansas, Allen Press, Inc., vol. 35, , p. 108 (ISSN0161-1542)