Membre de l'Union démocratique bretonne (UDB) à la fin des années 1960, il en est exclu lors de la « crise gauchiste » du début 1970. Il participe alors à La Taupe bretonne. Il est remarqué en 1974 par la communauté historienne et le grand public pour son second livre, L’Idéologie nationale. Titulaire d'un doctorat d'État soutenu en à Rennes sur les historiens bretons au XIXe siècle, il travaillait à Paris dans l'édition en tant que spécialiste du mouvement breton et des nationalismes. Outre de nombreux articles, il a participé aux Lieux de mémoire de Pierre Nora, chez Gallimard, et au Dictionnaire de philosophie politique aux PUF.
Publications
« Régionalisme, fédéralisme et minorités nationales en France entre 1919 et 1939 » (résumé d'un mémoire de maîtrise soutenu en 1968 sur « Les mouvements régionalistes et nationalistes et les partis de gauche en France entre les deux guerres », Faculté des lettres de Paris, dir. Jacques Droz), in Le Mouvement social, n° 70, janvier-.
La muraille ou l'exercice de la parole, récit, P., Sagittaire, 1979.
Le Bretonisme. Les historiens bretons au XIXe siècle, Mayenne, Floch et Rennes, Société d'histoire et d'archéologie de Bretagne (Archives historiques de Bretagne), 1987 ; rééd. coédition Presses universitaires de Rennes/Société d'Histoire et d'archéologie bretonne, 1999.
La Nation entre l’histoire et la raison, P., éd. La Découverte, 1990.
Le nationalisme face à la démocratie, in Antoine de Baecque dir., Une histoire de la démocratie en Europe, P., éd. Le Monde, 1991.
Nations, nationalités, nationalismes en Europe, 1850-1920, in Bulletin de la S.H.M.C., 1996, 1-2 (pp 2-71).
L’Invention de la guerre totale, XVIIIe → XXe siècle, P., éd. du Félin (coll. « Les marches du temps »), 2004.
Éditions critiques
Jules Vallès, L'Insurgé, préface de Pascal Pia, notes de J.Y. Guiomar, P., le Livre de poche (1244), 1972.
Émile Masson, Les Bretons et le socialisme, présentation et notes par J.Y. Guiomar, P., François Maspero, 1972.