Il est le fils d'André Séguéla, un officier de marine et de Mme Suzanne, née Bénazet. Il se marie le à Mlle Marie-Pierre Grimal. Ensemble, ils ont quatre enfants (Anne-Bernarde, Jordane (décédée), Laure-Emilie et Jeanne)[2].
Jean-Paul Séguéla effectue ses études au Lycée Pierre-de-Fermat, puis à la Faculté de médecine et à l'Institut Pasteur de Paris. Il en sort docteur en médecine, certificats d'étude spéciales de parasitologie médicale et technique, d'immunologie générale et appliquée, d'étude supérieures de génétique humaine, maîtrise de biologie humaine, diplôme d'études approfondies et de recherche en biologie humaine[2].
Il est doyen de la faculté de médecine de Rangueil de 1983 à 2005.
Ancien conseiller de Charles Pasqua, Jean-Paul Séguela, a été condamné[Quand ?] à trois ans de prison dont deux avec sursis, plus 50 000 euros d'amende. L'ex-Monsieur Drogue du ministère de l'Intérieur 1993 à 1995, écope également d'une interdiction de quatre ans de ses droits civiques. En première instance, sa peine de prison ferme était de deux ans.[réf. nécessaire][3]