Jean-Paul Jennequin est né le 7 février 1962 à Paris.
Il édite de 1994 à 1997 la revue Bulles gaies, consacrée à la bande dessinée gay et lesbienne, où il a réédité Les folles nuits de Jonathan, fresque intimiste narrant l'éducation parisienne d'un jeune homme à la découverte de sa sexualité.
Il est l'un des fondateurs et des animateurs du fanzine du comics Scarce, qui a plus de 70 numéros.
Il a également co-créé La comédie illustrée, label d'édition de bandes dessinées. De 2006 à 2010, il est rédacteur en chef de Comix club pour les éditions Groinge.
Depuis 2015, Jean-Paul Jennequin édite la Revue LGBT-BD, qui compile de courtes bandes dessinées à thématique LGBT.
Jean-Paul Jennequin a été par ailleurs collaborateur à Scarce, Cahiers de la BD, 9e Art, Critix, Comix Club, Gay comics, Le Phacochère, Gorgonzola, Okaz, Boy Trouble, Yéti, Stéréoscomic, The slab selection, Picsou Magazine, Tsunami, Marvel, Circus, Mangazone, Manga 10 000 images, la Revue Egoscopic(bande dessinée autobiographique)