En 2006, il remporte les élections communales sur la liste locale Ecolo à Amay avec 43,47 % des suffrages (onze sièges) contre 41,46 % aux socialistes. Il obtient 2 900 voix de préférence contre 2 226 à son adversaire et ami d'enfance le socialiste Christophe Collignon, fils du bourgmestre sortant Robert Collignon. ECOLO obtient 11 sièges, à égalité avec le PS : c'est le 23e élu (MR) qui va permettre le renversement historique de majorité, le PS étant au pouvoir à Amay depuis environ 80 ans.
À l'occasion de l'ouverture de la campagne des élections fédérales belges de 2007, il publie un livre aux éditions Luc Pire intitulé Merci pour vos enfants ! Réussir la transition écologique[2], préfacé par Jacky Morael, son « père » en politique. Il y plaide pour une union nationale du climat, réaffirme le caractère progressiste de l'engagement écologique, et le caractère indispensable du parti Écolo dans ce mécanisme, par opposition aux autres partis qui traitent des matières de prédilection d'Écolo de manière superficielle.
Le , Jean-Michel Javaux est réélu à la tête d'Écolo pour quatre ans, en équipe avec Durant. Ils portent désormais le titre de coprésidents du parti.
Fin 2009, Sarah Turine remplace Isabelle Durant.
Le , l'assemblée générale du parti a désigné Emily Hoyos et Olivier Deleuze à la coprésidence d’Ecolo, pour un mandat de quatre ans. Jean-Michel Javaux et Sarah Turine ont ainsi laissé leur place après respectivement 8 et 2 ans de présidence.
En 2012, il remporte les élections communales sur la liste locale Écolo à Amay avec 54,41 % des suffrages (14 sièges) contre 34,89 % aux socialistes, qui ne décrochent plus que 8 sièges, le dernier revenant à Amay+ (liste locale sur base MR). Il obtient 3 647 voix de préférence contre 1 825 à Robert Collignon.
De à , député wallon (où il est président de la commission sur les affaires intérieures et la fonction publique) et membre du Parlement de la Communauté française.
De à , secrétaire fédéral et porte-parole d'Ecolo.
Depuis , membre coopté du conseil d'administration de l'Université libre de Bruxelles.
