Son terrain principal, en tant qu’anthropologue, a concerné les sociétés créoles, et de manière privilégiée les Antilles de colonisation française.
Partant du cas spécifique de petites populations insulaires (Terre-de-Haut des Saintes, la Désirade), il a poursuivi une réflexion au long cours sur l’objet « racial » et la persistance des modes coloniaux de catégorisation dans les sociétés post-esclavagistes. Il a, dans cette ligne, abordé le thème du « métissage », envisagé tant du côté de la dynamique des populations (envisagée au travers des faits d’alliance et de procréation) que de ses représentations, tout en étendant sa réflexion au domaine du mélange culturel, ce qui l’a conduit à aborder au niveau théorique le thème de la « créolisation ». La trace « colorée » de l’esclavage l’a également orienté, concurremment à la montée actuelle de fortes préoccupations sociales et identitaires à la fin des années 1990, vers la thématique de la mémoire de l’esclavage[3].
La Réunion
Il a pu également, toujours dans le cadre des îles créoles (notamment à la Réunion), aborder le thème du paysage, scruté à la fois dans sa réalité matérielle et dans les représentations qui le saisissent.
Causses et Cévennes
Il s’est par ailleurs investi, dans le cadre d’une « ethnologie du proche », sur le terrain des Causses et des Cévennes, où il s’est efforcé de penser, à côté des identités fondées sur l’apparence et l’hérédité, les identités fondées sur le territoire, le paysage et la mémoire, dans la ligne d’une anthropologie des représentations du passé, en lien avec les processus identitaires.
Jacques Adélaïde-Merlande (dir.), J.-L. Bonniol (éd. scientifique), Jean-Claude Annezer (coll.), Danielle Bégot (coll.), Jean Benoist (coll.) et al., « Martinique et Guadeloupe, des îles aux hommes », dans L'Historial antillais, vol. I, Fort-de-France, Dajani Éditions, , 591 p., 31 cm (BNF34675251, SUDOC060522852).
J.-L. Bonniol (dir.), CTHS (actes du 123e congrès national des sociétés historiques et scientifiques à Fort-de-France en avril 1998), Paradoxes du métissage, Paris, Édition du CTHS (d), coll. « Actes du … Congrès national des sociétés savantes. Commission d'anthropologie et d'ethnologie françaises (ISSN1141-5037), no 123 », , 243 p., 24 cm (ISBN2-7355-0402-6, OCLC237516919, BNF37654295, SUDOC059179082, présentation en ligne).
J.-L. Bonniol (dir.) et Maryline Crivello (dir.) (actes des journées d'études à la MMSH (Aix-en-Provence) en mai 2001), Façonner le passé : représentations et cultures de l'histoire (XVIe – XXIe siècle), Aix-en-Provence, Publications de l'Université de Provence, coll. « Le temps de l'histoire (ISSN1631-946X) » (réimpr. 2017) (1re éd. 2004), 304 p., 21 cm (ISBN2-85399-580-1, OCLC1146411784, BNF39236594, SUDOC080865356, présentation en ligne, lire en ligne). [compte-rendu] de Sophie Dulucq (d).
