Il est le fondateur de la maison d'édition Les Trois Nornes à Fribourg[2].
En 1987, au colloque annuel de la Mormon History Association à Oxford, il commence une longue amitié avec le sociologue italien Massimo Introvigne, amitié qui contribue à la fondation du Centre pour l'étude des nouvelles religions (CESNUR) en 1988. Il est analyste sur les affaires internationales et stratégiques pour le gouvernement suisse de 1991 à 1998[3].
En 1989, Mayer participe, en tant que collaborateur scientifique, à la fondation du Bureau d’aide et d’information sur les mouvements religieux (BAIMR), une association de lutte contre les abus des sectes[4]. Il a mené de longues enquêtes sur le phénomène des sectes, dont il a publié les résultats en détail, comme dans ses ouvrages Sectes nouvelles - Un regard neuf (1985)[5] et Confessions d'un chasseur de sectes (1990). Il lui a été parfois reproché d'aborder les sectes religieuses actuelles avec trop de « bienveillance », sans se départir toutefois d'un « esprit sainement critique »[6].
À la demande du Conseil d'État du canton de Fribourg, il publie en 2012 un rapport sur la situation des communautés religieuses dans le canton de Fribourg.
De 2013 à 2015, il est président de l’International Society for the Study of New Religions (ISSNR)[10]. Par la suite, Jean-François Mayer continuera à assumer la direction de la rédaction de la publication de l'ISSNR, l'International Journal for the Study of New Religions (IJSNR)[11].
En 2016, il est l'initiateur et le porte-parole du comité pétitionnaire SoutenonsRTSreligion.info. La direction de la RTS avait décidé de supprimer ses émissions religieuses pour des raisons budgétaires[12],[13]. Le soutien populaire massif à la pétition (25'000 signatures) avait fait revenir la RTS sur sa décision[14].
Institut Religioscope
En 2002, Jean-François Mayer fonde le site internet Religioscope, qui traite de l'actualité religieuse (il est lui-même de religion orthodoxe russe). En 2007, il crée, sur la base du site, l’Institut Religioscope. Il s'agit d'un centre de recherche et d'analyses des facteurs religieux, de leur histoire et de leurs développements, dans le monde contemporain. L'institut est basé à Fribourg et est totalement indépendant. Le site est bilingue (français et anglais)[15]. Parmi les collaborateurs réguliers de l'institut, on trouve le sociologue Patrick Haenni (autrefois chercheur au Centre d’études et de documentation économiques, juridiques et sociales du Caire)[16], ainsi que Romain Caillet[17]. L'institut publie depuis 2008 une revue, les Cahiers de l'Institut Religioscope, distribuée gratuitement (15 numéros parus entre 2008 et 2018)[18].
Selon Roger Juillerat[21], il aurait joué un rôle sinon trouble pour le moins troublant lors de l’enquête sur la secte de l’« Ordre du Temple solaire »[22].
Jean-Yves Camus et René Monzat indiquent qu'il a été responsable de la diffusion de Défense de l'Occident à Lyon, éditeur à Fribourg de la revue odinisteSkuld, et collaborateur de Panorama des idées actuelles, une revue du GRECE[23]. Il est membre à la fin des années 70 du Nouvel ordre social (mouvement national-révolutionnaire basé à Genève)[2]. Il a aussi été un collaborateur de la revue « traditionaliste-révolutionnaire » Totalité.
En 1998, Arnaud Guyot-Jeannin le classe dans la mouvance de la Nouvelle Droite[24].
Les sectes. Non-conformismes chrétiens et nouvelles religions, 2e édition revue et augmentés, Paris, Éditions du Cerf/Saint Laurent (Québec), Fides, 1988.
L'Évêque Bugnion ou les Voyages extraordinaires d'un aventurier ecclésiastique vaudois, Lausanne, Éditions 24 heures, 1989.
Michel Potay et la Révélation d'Arès, Édition les trois Nornes, C.P 83 1700 Fribourg 5 (Suisse), (ISBN2-88210-004-3)
Confessions d'un chasseur de sectes, Paris, Éditions du Cerf, 1990.
Les nouvelles voies spirituelles, Enquête sur la religiosité parallèle en Suisse, Lausanne, L'Âge d'Homme, 1993.
Jean-François Mayer et Reender Kranenborg, La Naissance des nouvelles religions, Genève, Georg Editeur, , 212 p. (ISBN2-8257-0877-1, présentation en ligne)
Internet et religion, Gollion, Infolio, 2008.
L'évolution des chrétiens évangéliques et leur perception en Suisse romande (préface de Norbert Valley), Genève, Réseau Évangélique Suisse, 2016, 84 p.
↑« Suisse romande : Nouveau service d’aide aux victimes des sectes (310589) », Cath.ch, (lire en ligne, consulté le )
↑Jean Séguy, « Mayer (Jean-François) Sectes nouvelles. Un regard neuf », Archives de sciences sociales des religions, nos 61/2, , p. 288-289 (lire en ligne).
↑Weber Philippe. Jean-François Mayer, Confessions d'un chasseur de sectes (coll. L'histoire à vif). 1990. Revue théologique de Louvain, 22e année, fasc. 4, 1991, pp. 542-543.
↑Grégory Roth, « L'Institut Religioscope fait peau neuve sur le web », cath.ch - portail catholique suisse, (lire en ligne)
↑Agnès Rotivel, « Patrick Haenni, chargé de recherches à l'institut Religioscope à Fribourg et ancien analyste de l'ICG (1) sur le Liban : « 2009 sera l'heure de vérité pour les chrétiens » », La Croix, (lire en ligne)
↑Recension par Fabrizio Frigerio de: Jean-François Mayer, Les nouvelles voies spirituelles, Enquête sur la religiosité parallèle en Suisse, Lausanne, 1993, dans: Revue de Théologie et de Philosophie, Lausanne, 1995, vol.127, n. II, p. 204
↑« Un expert…trop expert », Le Matin, 8.11.1996, p. 3.
↑Voir: "Les faux espoirs du procès Tabachnik" par Jean-François Mayer, La Liberté, Fribourg (Suisse), 30 avril 2001 sur le site du CESNUR.[1]
↑Jean-Yves Camus et René Monzat, Les Droites nationales et radicales en France : répertoire critique, Lyon, Presses universitaires de Lyon, , 526 p. (ISBN2-7297-0416-7), p. 361.
↑Entretien avec Arnaud Guyot-Jeannin, « Au sujet d'Evola », Résistance, no 3, , p. 18-23 : « La ND n'est pas un parti monolithique. C'est pour beaucoup de traditionalistes un espace de liberté exceptionnel. À la périphérie de la Nouvelle Droite, David Gattegno, Jean-Paul Lippi, Jean-François Mayer, Jean Parvulesco, Paul Sérant, Luc Saint-[É]tienne, Pierre-Marie Sigaud, Bernard Marillier, Paul-Georges Sansonetti, Dominique Lormier, etc., en font également parti [sic]. »