De 1992 à 1995, il préside le Parti radical de gauche (MRG), devenu le parti « Radical » (RAD) en 1994[4],[5]. Le parti obtient 12 % des voix lors des élections européennes de 1994 avec la liste « Énergie radicale », conduite par Bernard Tapie ; Jean-François Hory, en deuxième position, est réélu député européen.
En , Jean-François Hory annonce sa candidature en vue de l'élection présidentielle d'avril suivant ; alors président national de Radical, il propose notamment la « mise hors la loi » du chômage des jeunes et la « fiscalisation de la protection sociale »[6]. Il se retire peu après, faute du soutien de Bernard Tapie et des cadres de Radical (Émile Zuccarelli, Michel Crépeau ou Roger-Gérard Schwartzenberg, qui préfèrent soutenir Lionel Jospin dès le premier tour)[7] et devant les sondages défavorables[8] ; il quitte peu après le scrutin présidentiel la présidence de Radical[9]. Il milite ensuite au sein du Parti radical transnational, fondé par Marco Pannella et Emma Bonino.
Nommé au Conseil d’État en 2008, il revient exercer pendant quelques mois comme avocat à Mayotte. Admis à la retraite en , il meurt à Chalon-sur-Saône le mois suivant, des suites d'un cancer[10],[11],[12]. Il était marié, père de deux enfants et grand-père d’un enfant[13].
