Il est élu au conseil municipal de Limoux en 1989, au sein duquel il est élu adjoint au maire, il le restera jusqu'à 1997, année où il devient député de la 1re circonscription de l'Aude. Il est réélu en 2002, en 2007, avec 54,48 % des suffrages, et en 2012. Jean-Claude Perez est membre de la commission de la Défense nationale et des Forces armées.
Lors des élections municipales de 2008, il se présente à la mairie de Carcassonne, mais la liste qu'il mène est battue de 56 voix par celle du maire sortant, l’UMPGérard Larrat. À la suite de nombreuses irrégularités, notamment de fausses procurations, un recours est déposé et le Conseil d’État annule les élections par arrêt du .
Une élection partielle se déroule les 6 et . À la tête d’une liste d’union de la gauche soutenue par le MoDem, Jean-Claude Perez emporte la mairie au second tour avec 54,03 % des voix contre 45,97 % au maire sortant Gérard Larrat[4].
Candidat pour un second mandat à la mairie de Carcassonne, sa liste est battue au second tour dans une triangulaire l'opposant au divers droite et ancien maire, Gérard Larrat, qui l'emporte, et au Front National Robert Morio.
D'abord candidat à un cinquième mandat de député, il doit d'abord passer par une primaire interne au PS et doit affronter deux autres candidats[5]. Il renonce finalement à se présenter aux élections législatives françaises de 2017 entre les deux tours de la primaire où il est pourtant arrivé en tête au premier tour[6]. Il quitte par la même occasion le Parti socialiste et justifie sa décision en déclarant que « Les petits calculs des dirigeants audois du PS ne sont pas à la hauteur des militants »[7].
Il se présente finalement sans parti aux élections législatives mais il est éliminé au premier tour avec 5,18 % des voix. Depuis 2020, Jean-Claude Perez est en retrait de la vie politique.
↑Martial Andrieu, Carcassonne - Les maires de la Révolution française à aujourd'hui, Carcassonne, Musique et Patrimoine, , 155 p. (ISBN978-2-9543282-5-6), p.145 à 146
