Prat fait monter le Paris Basketball, qui bénéficie d'un fort recrutement, en première division lors de la saison 2020-2021. À l'issue de la saison 2021-2022, le Paris Basketball se maintient difficilement en première division. La direction américaine du club souhaite faire venir un entraîneur américain et propose à Prat de rester dans le club mais d'être rétrogradé au poste d'entraîneur adjoint. Prat quitte le club en juillet et Will Weaver(en) le remplace[6].
Jean-Christophe Prat quitte l'ASVEL en après l'arrivée de Gianmarco Pozzecco au poste d'entraîneur principal. Il rejoint le BCM Gravelines-Dunkerque avec lequel il s'engage jusqu'en 2025[7],[8].