Le pavillon Jean-Charles-Bonenfant de l'Université Laval, qui abrite la principale bibliothèque de l'université depuis 1968, a été renommé en son honneur[4].
La fondation Jean-Charles Bonenfant a été créée par un projet de loi privé en 1978 afin d'« augmenter, [d']améliorer et [de] diffuser les connaissances sur les institutions politiques et parlementaires du Québec » et de « promouvoir l'étude et la recherche sur les institutions politiques et parlementaires »[5]. À chaque année, la fondation octroie les prix Jean-Charles Bonenfant, lors de la Journée du livre politique du Québec. La Fondation, qui est présidée par le Président de l'Assemblée nationale du Québec a versé plus d'un million de dollars en bourses afin de permettre à une centaine de jeunes de s'initier aux institutions parlementaires[6].
Une plaque "Ici vécut de la ville de Québec est présente au 1109, avenue des Laurentides, en son honneur, pour indiquer son ancien lieu de résidence[7].
