En 1693, il fut promu lieutenant. En 1695, il est envoyé en mission à la tête d'un groupe d'une quinzaine d'Amérindiens en territoire ennemi pour capturer des colons. Il revint avec quatre prisonniers dont un Hollandais.
En 1702, il est élevé au grade de lieutenant, puis capitaine le .
Jean-Baptiste de Saint-Ours Deschaillons vécut de ses investissements dans le commerce de la fourrure et dans le commerce immobilier, ses revenus militaires ainsi que l’aide de l’État lui permirent de vivre selon son statut de noble. Il eut neuf enfants, cinq filles et quatre fils.
Jean-Baptiste de Saint-Ours Deschaillons mourut le à Québec.