McAteer est sélectionné 53 fois en équipe d'Irlande. Il participe à deux phases finales de coupe du monde, en 1994 et 2002.
L'un de ses 3 buts en sélection est resté célèbre. Le , au stade de Lansdowne Road, il marque le but de la victoire (1-0) contre les Pays-Bas qui qualifie l'équipe d'Irlande (pourtant réduite à 10 après l'expulsion de Gary Kelly) pour la coupe du monde 2002 et élimine du même coup les Néerlandais.
Il faisait partie d'un petit groupe de joueurs de Liverpool surnommé les Spice Boys.
(en) Stephen McGarrigle, The Complete who's who of Irish international football : 1945-1996, Edimbourg, Mainstream Publishing, , 237 p. (ISBN1-85158-894-9), p. 119-120