En 2012, il effectue 66 sorties comme releveur pour Pittsburgh et maintient une excellente moyenne de points mérités de 2,85 en 75 manches et deux tiers lancées. Il réalise de plus deux sauvetages.
Marquée par maux de bras, sa saison 2013 est difficile : sa moyenne de points mérités s'élève à 4,78 en 32 manches lancées pour les Pirates et les frappeurs adverses maintiennent une moyenne au bâton de ,291 contre lui[3]. Mais le droitier répond à cette guigne de deuxième année avec une saison 2014 encore meilleure que son année recrue : appelé au monticule à 63 reprises par les Pirates, il abaisse sa moyenne de points mérités à seulement 1,96 en 64 manches et un tiers de travail, et remporte 7 victoires contre 5 défaites.
Il connaît sa meilleure saison avec une moyenne de points mérités de 1,96 en 64 manches et un tiers lancées pour les Pirates en 2014 et enchaîne avec une autre excellente année en 2015, où sa moyenne se chiffre à 2,28 en 67 manches de travail.
Il maintient une moyenne de points mérités de 3,03 en 59 manches et un tiers en 2016 à sa dernière année à Pittsburgh.
Brewers de Milwaukee
Libéré de son contrat par Pittsburgh lors de l'entraînement de printemps suivant, Hughes rejoint les Brewers de Milwaukee et leur offre une moyenne de points mérités de 3,02 en 59 manches et deux tiers lancées en 2017.
