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Jakub Ťoupalík naît au sein d'une famille de sportifs. Son père participe à des triathlons, tandis que son grand frère Adam est coureur cycliste. Après avoir pratiqué le football puis l'athlétisme, il vient au cyclisme à l'âge de treize ans en accompagnant son frère à l'entraînement[1],[2]. Il commence la compétition deux ans plus tard sous les couleurs de la Cycling Academy Tábor[2].
En 2020, il rejoint l'équipe continentale Topforex-Lapierre. Il délaisse alors sa discipline de prédilection (cyclo-cross) pour se consacrer principalement aux compétitions sur route.