Marié à Fanny Desmarres, professeur de littérature française, il est le père de trois enfants.
La majorité de ses travaux concernait le Cambodge (40 % de ses travaux), mais il a tout autant travaillé sur l'Asie du Sud-Est, l'Asie au sens large. Il a travaillé également sur l'histoire médiévale française.
Bibliographie
de Vienne, M.S - "In mémoriam Jacques Népote (1943-2006), premiers jalons pour un futur bilan scientifique", Péninsule n°52, 2006.
Guéraiche, William. « Jacques Népote », Outre-Terre, vol. no 15, no. 2, 2006, pp. 9-9[2].
Biographie sur le site de l'association d'Echanges et de Formation pour les Etudes khmères.