Par la suite, il devient jurisconsulte du Conseil des ministres de la CEE de 1957 à 1968, et directeur général du service juridique dont il est considéré comme son véritable fondateur.
Il a fondé[Quand ?] la collection "Commentaire J. Mégret", éditée par l'Université libre de Bruxelles. Il s'agit d'une collection de référence du droit de l'Union européenne.
Il meurt en fonctions le à Paris, à l'âge de 52 ans[3]. Il est le père de Bruno Mégret, homme politique.
Ouvrages
1944 : Journal d'un bourgeois de Paris de 1405 à 1449 / Texte français moderne de Jacques Mégret, coll. Le Roman de l’Histoire, éd. Horizons de France.
1970: Commentaire J.Mégret. Le droit de la Communauté économique européenne.Volume 2, Agriculture, 1re éd., éd. Université Libre de Bruxelles
1971: Commentaire J.Mégret. Le droit de la Communauté économique européenne. Volume 3 Libre circulation des travailleurs. Établissement et services. Capitaux. Transports (avec J.Dousset, J.-V.Louis, M.Sarmet et D.Vignes), 1re éd., éd. Université Libre de Bruxelles.
1974: Commentaire J.Mégret. Le droit de la Communauté économique européenne. Volume 6 Politique économique’’ (avec G.Brondel, C.Constantinides-Megret, J.Flory, J.-Cl. Morel, P.Van Den Bempt), 1re éd., éd. Université Libre de Bruxelles.
Michel Mangenot, « L’affirmation du Secrétariat général du Conseil de l’Union européenne : les transformations du rôle d’une institution non codifiée », VIIe congrès de l’Association française de science politique, Lille, 18, 19, 20 et [lire en ligne (page consultée le 17 décembre 2007)]
Romain Rosso, « L'ascension d'un homme dangereux », L’Express, [lire en ligne (page consultée le 14/10/2016)]
