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En 1968, Kébadian participe à la création des États généraux du cinéma et filme les grèves ouvrières. Il cofonde le collectif militant ARC, qui réalise Le Droit à la parole, Joli mois de mai, Comité d'action 13. Jean-Luc Godard intègre certaines des images filmées par l'ARC à Un film comme les autres (1968).
Soucieux d'efficacité révolutionnaire, Kébadian embauche comme ouvrier à l'usine de peinture Valentine et y dénonce les conditions de travail : intoxication par vapeurs de soude, maladies mortelles, polices patronales. Son action militante lui vaut un procès et 2 mois de prison avec sursis.
Tout au long de son œuvre, Kébadian rend compte des combats menés par les opprimés : lutte des sans-papiers dans D’une brousse à l’autre (1997), lutte des Indiens zapatistes dans La Fragile Armada (2003).
Ses origines arméniennes le déterminent à consacrer de nombreux films au génocide et à la diaspora arméniens, ainsi qu'une monumentale installation, Mémoires arméniennes, pour célébrer le centenaire du génocide de 1915. En 1982, il crée l’Association audiovisuelle arménienne et organise le festival du cinéma arménien au Studio 43 (Paris), qui connaît quatre éditions entre 1984 et 1989.
Le travail de Kébadian bâtit une galerie de portraits de femmes révoltées pour de justes causes : Albertine, jeune fille libertaire interprétée par la future réalisatrice Franssou Prenant dans Albertine ou Les souvenirs parfumés de Marie-Rose (1972), les résistantes Germaine Tillion et Geneviève de Gaulle, filmées dans Germaine Tillion (1974), puis toutes deux avec le comité de soutien des sans-papiers dans D'une brousse à l'autre, puis dans un double portrait (2000) qui anticipe de façon visionnaire sur l'entrée simultanée de celles-ci au Panthéon le . Il filme également les femmes de sa propre famille.