Responsable de l’équipe latine du centre de recherches « Lenain de Tillemont pour le christianisme ancien et l’Antiquité tardive », il est membre du comité national du Centre national de la recherche scientifique, du comité de l’association Guillaume-Budé, du comité directeur de la commission internationale d’histoire ecclésiastique comparée, du conseil scientifique du centre d’études supérieures de civilisation médiévale de Poitiers, des conseils d’administration de l’Institut d’études augustiniennes (Paris, président) et de l’École normale supérieure de Saint-Cloud[3].
Isidore de Séville et la culture classique dans l’Espagne wisigothique, 2 vols, Paris, Institut des études augustiniennes, collection des études augustiniennes, 1959[4].
Isidore de Séville. Traité de la nature, suivi de l’Épître en vers du roi Sisebut à Isidore [texte établi, traduit et commenté], Bordeaux, Bibliothèque de l'École des hautes études hispaniques, 1960[5].
Tertullien.Sur la couronne [texte établi, traduit et commenté], Paris, PUF, 1966[6].
Sulpice Sévère.Vie de Saint-Martin [texte établi, traduit et commenté], Paris, Éditions du Cerf, 1967-1969.
Aspects et problèmes de la prose d’art au IIIe siècle : la genèse des styles latins chrétiens, Turin, Bottega d'Erasmo, 1969.
La littérature latine chrétienne, Paris, PUF, coll. « Que sais-je ? », 1970.
Ammien Marcellin.Histoire, tome IV [texte établi, traduit et commenté], Paris, Les Belles Lettres, 1977.
Études sur la poésie latine tardive d’Ausone à Prudence, Paris, Les Belles Lettres, 1980[7].
Naissance de la poésie dans l’Occident chrétien. Esquisse d’une histoire de la poésie latine chrétienne du IIIe au VIe siècle, Paris, Institut des études augustiniennes, collection des études augustiniennes, 1983.
Senlis, berceau de la France (en collaboration avec Anne Fontaine), Paris, Zodiaque, 1985.
Culture et spiritualité en Espagne du IVe au VIIe siècle, Londres, Variorum Reprints, 1986.
Tradition et actualité chez Isidore de Séville, Londres, Variorum Reprints, 1988.
Saint Augustin.Confessioni, Introduzione generale, Milan, La Fondazione Lorenzo Valla, 1992.
Ambroise.Hymnes [texte établi, traduit et commenté], Paris, Éditions du Cerf, 1992.
Isidore de Séville. Genèse et originalité de la culture hispanique au temps des Wisigoths, Turnhout, Brepols, 2001.
Gallus : dialogues sur les "vertus" de saint Martin [texte établi, traduit et commenté], Paris, Éditions du Cerf, 2006.
↑Robert Ricard, « Jacques Fontaine, "Isidore de Séville et la culture classique dans l'Espagne wisigothique" », Bulletin hispanique, vol. 62, no 2, , p. 207-208 (lire en ligne)
↑Guy Cambier, « Jacques Fontaine, "Isidore de Seville. Traité de la Nature, suivi de l'Épître en vers du roi Sisebut à Isidore" », L'Antiquité classique, vol. 30, no 2, , p. 632-634 (lire en ligne)