Durant la Seconde Guerre mondiale, Jacques Bourgeois a participé à la Résistance en tant que chef du Mouvement de résistance des prisonniers de guerre et déportés (MRPGD) - Zone Nord. Il a ainsi travaillé, en 1943, avec le réseau de François Mitterrand, qui l'a suspecté d'être un agent double à la solde de la Gestapo, avec son ami Albert Médina. Il a même songé à les liquider, mais s'en est abstenu, faute de preuves[réf. nécessaire]. En , après la Libération de Paris, il fut arrêté et interrogé par Edgar Morin et Dionys Mascolo. Mais il fut jugé innocent par Philippe Dechartre. C'est ainsi qu'il a continué sa carrière comme musicographe et critique musical jusqu'à sa mort en 1996. (Source: Mitterrand par Philip Short).