Le club fait partie des 12 équipes qui disputent la première édition du championnat tanzanien en 2016-2017, et termine à la deuxième place[3],[4]. La saison suivante, il remporte championnat pour la première fois, en étant sacré deux journées avant la fin[2].
En 2018-2019, JKT devance facilement les Simba Queens et les Yanga Princess pour s'adjuger un deuxième sacre[5]. Fatuma Mustapha est la meilleure buteuse du club et du championnat (25 buts)[6].
En 2019-2020, malgré une grande saison de leur attaquante Fatuma Mustapha, qui termine meilleure buteuse avec 33 réalisations, les JKT Queens échouent à quatre points des Simba Queens en championnat et perdent leur titre[7]. Les Simba Queens remportent les deux titres suivants.
Lors de la saison 2022-2023, les JKT Queens mettent fin à la domination des Simba Queens sur le championnat tanzanien et remportent un troisième titre. Elles terminent le championnat invaincues (14 victoires et 4 nuls) avec un point de plus que leurs rivales[8]. Elles se qualifient ainsi pour leur première Ligue des champions du CECAFA[9]. Après avoir remporté le tournoi régional, elles sont éliminées en phase de poules de la Ligue des champions africaine.
