Jürgen Vogel est né dans une famille modeste de Hambourg. Enfant, il débute comme modèle photo. À 16 ans, il est retenu pour le film Kinder aus Stein (Les Enfants de pierre). Un an après, en 1985, il part s'installer à Berlin où il partage un appartement avec l'acteur allemand Richy Müller. D'après ses propos, c'est en regardant Taxi Driver qu'il fut inspiré par le métier d'acteur. Sa carrière décolle véritablement en 1991 avec le film Kleine Haie.
Il a obtenu un Ours d'argent en 2006 pour son travail en tant qu'acteur, coauteur et coproducteur du film Le Libre Arbitre. Le public français le découvre en 2007 avec Le Bonheur d'Emma.
En 2008, Jürgen Vogel revient dans La Vague. Dans ce film, il joue le rôle d'un professeur qui instaure un régime totalitaire dans sa classe afin de montrer à ses élèves à quel point il est facile d'instaurer une dictature. S’il n’a pas reçu de réelle formation de comédien, Jürgen Vogel est pourtant un des acteurs allemands les plus en vogue de sa génération. En 2005, il incarne le chanteur d'un groupe de rock, Hansen band, dans Keine Lieder über Liebe, et entame en parallèle plusieurs tournées avec ce groupe.
