1 Compétitions officielles nationales et internationales senior, incluant le parcours amateur et en équipe réserve. 2 Matchs officiels. Dernière mise à jour :
Júnior Alonso débute avec l'équipe des jeunes de Cerro Porteño où il participe à la Copa Libertadores des moins de 20 ans en 2012, son équipe atteint les quarts de finale. Le , il est appelé pour la première fois avec l'équipe première par l'entraîneur Francisco Arce pour un match contre le Deportivo Capiatá. Il connaît ensuite ses débuts dans la Copa Sudamericana 2013 le contre le Club Deportivo Universidad Católica. Le , il est sacré champion avec le Cerro Porteño lors du Tournoi de clôture du championnat du Paraguay de football 2013.
En 2017, il est très proche de s'engager avec les Argentins du Racing Club mais il rejoint finalement le Lille OSC le où il signe pour une durée de quatre ans et demi[1]. Il inscrit son premier but avec le club nordiste lors de la première journée du championnat 2017-2018, face à Nantes.
Le , Junior Alonso quitte Lille pour être prêté au Celta Vigo. Selon la presse espagnole, une option d'achat obligatoire de 5 millions d'euros serait adossée au contrat[2].
En , il met fin à son contrat avec le Celta Vigo et le club lillois le prête pour six mois au club argentin de Boca Juniors[3].