En plus des matières de tronc commun (communication, langues, gestion de projet), les élèves s'orientent sur concours vers l'une des trois spécialités (marine, matériaux et télécommunication) que propose l'école :
Ingénierie mathématiques
L'ingénierie mathématique vise à la formation au développement, l'étude et la programmation informatique de méthodes de résolutions numériques de problèmes mathématiques : équations différentielles, optimisation, méthodes de Monte-Carlo.
Possibilité de double-diplômes avec Cranfield University
L'ingénierie des télécommunications forme dans des domaines tels que l'informatique, les réseaux, l'acquisition et la transmission de données, la télédétection, la reconnaissance des formes, des radars, des sonars). Les ingénieurs en télécommunications s'orientent vers l'ingénierie système et les entreprises de télécommunications.
Double-diplômes et relations internationales
En troisième année, la possibilité est offerte aux étudiants d'être déchargés d'une partie de leur cursus Ingénieur pour suivre en vue d'un double diplôme et d'une orientation recherche, un Master 2. Sur Toulon, les Masters Mathématiques (Physique Mathématique, Signal, ou Appliquées) sont accessibles, ainsi que le Master Mer, environnement et systèmes. D'autres Masters sont envisageables sur Marseille, et sur Nice (Mécanique Numérique, Master de l'École des Mines de Paris).