Une hétéroprotéine, parfois appelée protéine conjuguée^[1], est un composé chimique organique constitué d'une partie protéique (enchaînement d'acides aminés) appelée apoprotéine et d'une partie non protéique appelée groupement prosthétique^[2]. Par opposition^[3], une holoprotéine est, elle, uniquement constituée d'acides aminés, sans groupe supplémentaire.

On classe souvent les hétéroprotéines en fonction de leur groupe prosthétique. On distingue par exemple :

• les nucléoprotéines, comme les ribosomes, liées de l'acide nucléique (typiquement ADN ou ARN).
• les glycoprotéines, comme les anticorps, liées à un ou plusieurs oses (sucres).
• les lipoprotéines, vecteur de transport des lipides dans l'organisme.
• les chromoprotéines, dont le groupement prosthétique est chromophore.
• les phosphoprotéines, comme la caséine, protéines phosphorylées. Certains auteurs classent néanmoins les phosphoprotéines comme des holoprotéines, en considérant que la phosphorylation ne compte pas comme adjonction d'un groupement prosthétique.
• les métalloprotéines, comme l'hémoglobine, pouvant fixer un ou plusieurs atomes métalliques.

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