De 2000 à 2005, il est emprisonné pour ces activités par le gouvernement chinois, « Les autorités reprochent au webmaster la publication sur son site Internet d’articles sur le massacre de la place Tiananmen en , écrits par des dissidents basés à l’étranger. »[1]
Après les dégâts massifs du séisme du Sichuan de mai 2008, Huang Qi participe au travail d'assistance et répond aussi à certains parents dans leurs demandes d'assistance concernant leur plaintes après l'effondrement des bâtiments scolaires. Le , la police l'arrête à Chengdu et le place en détention pour « suspicion de possession illégale de secrets d'État[2],[3] » Il n'a pas été vu depuis. L'annonce formelle de son arrestation a été faite le [4].
Le , un tribunal de Chengdu a condamné Huang Qi à trois ans de prison pour « possession de secrets d'État ». Le tribunal n'a pas donné une preuve permettant de comprendre ce verdict, ni aucun des secrets dont Huang Qi aurait été en possession[5].
Sophie Richardson, membre de la division Asie à Human Rights Watch indique :
« La condamnation de Huang Qi montre l'étendue et l'ampleur de l'hostilité du gouvernement chinois envers la liberté d'expression » ;
« La volonté du gouvernement chinois de recourir aux lois ambiguës sur les secrets d'État pour faire taire ceux qui usent de leur droit à parler librement, lequel droit figure dans la Constitution chinoise ainsi que dans la Déclaration universelle des droits de l'homme, met en lumière l'absence dangereuse de conformité à l'état de droit.
Amnesty International a demandé aux autorités chinoises la libération immédiate et sans condition de ce militant des droits humains[6].
En 2016 il est de nouveau arrêté après avoir reçu le prix Reporters sans frontières - TV5 Monde de la liberté de la presse[7].
En , selon des associations de défense des droits de l'homme, il serait en danger de mort faute de recevoir un traitement médical adapté[8]. En , il est condamné à 12 ans de prison[9]. En , l'Union européenne demande à la république populaire de Chine la libération immédiate de Huang Qi [10].
