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Né en 1532 dans le petit village de Galizuela en Estrémadure, il apprend la musique dans le chœur de la cathédrale de Ségovie entre 1542 et 1549 sous la direction de Gerónimo de Espinar — qui fut également le maître de Tomás Luis de Victoria — où il se lie d'amitié avec Lázaro del Álamo, qui le précèdera en tant que maître de chapelle à Mexico.
Hernando Franco rejoint ensuite la Nouvelle-Espagne, vraisemblablement dans les années 1550, et devient maître de chapelle de la cathédrale de Santiago de Guatemala vers 1571. Il occupe cette fonction durant trois ans, avant de démissionner en raison de coupes budgétaires qui réduisent son salaire.
Il part alors pour Mexico où la charge de maître de chapelle de la nouvelle cathédrale est vacante. Il l'obtient officiellement le , prenant ainsi la suite de son ami d'enfance Lázaro del Álamo qui l'avait occupé de 1556 à 1570. Dans les années suivant la nomination d'Hernando Franco — dont la musique rencontre un succès grandissant —, le chœur de la cathédrale connaît un temps fastueux avec le recrutement de nombreux choristes et instrumentistes. Mais en 1582, les autorités ecclésiastiques décident de réduire leur budget de fonctionnement entraînant une réduction des salaires de nombreux musiciens. Hernando Franco se retire alors en signe de protestation. Il meurt trois ans plus tard, en 1585, et est enterré dans la cathédrale.
Quelques hymnes en nahuatl signées d'un compositeur du même nom (Hernando don Franco) sont désormais attribuées à un compositeur autochtone qui aurait pris le nom de Franco lors de son baptême.
(en) « Franco, Hernando », « Guatemala », in The New Grove Dictionary of Music and Musicians, ed. Stanley Sadie. 20 vol. London, Macmillan Publishers Ltd., 1980. (ISBN1-56159-174-2)
(en) Barwick, Steven. The Franco Codex of the Cathedral of Mexico City. Carbondale, Illinois: Southern Illinois University Press, 1965.
(es) Tello, Aurelio. « Franco, Hernando ». Diccionario de la Música Española e Hispanoamericana, 10 vols., ed. Emilio Casares Rodicio. Madrid: Sociedad General de Autores y Editores, 1999, 5/247-8. (ISBN84-8048-303-2)
