Après l'armistice, il sert en Algérie se bat contre les insurgés en Kabylie (colonne Lallemand - 1871), puis prend part à l'expédition à El Goleah (colonne Galliffet - hivers 1872-1873).
Henri Crémer opte pour la nationalité française en 1872. Tout comme son aîné, il ne fait pas mystère de ses convictions républicaines.
Nommé général de division en , il commande la 2e division d'infanterie à Arras. Promu au commandement du 1er corps d'armée le , il doit quitter ses fonctions et est mis en disponibilité le , après avoir négocié l'obtention de la plaque de Grand Officier contre son départ anticipé[réf. nécessaire].
Il se dit victime de manœuvres du clan Pau/Castelnau visant à remplacer les généraux républicains.