Le lieutenant participe au développement du MLN en zone Sud : adjoint de Chevance, chef militaire de la région R2 (Marseille), aux côtés de Jacques Baumel, puis inspecteur de l'Armée Secrète, enfin chef de cabinet de Charles Delestraint.
Emprisonné à Lyon, Aubry est roué de coups et soumis à plusieurs simulacres d'exécution. Transféré à Paris, il est libéré le . Le colonel Lacaze et le Dr Dugoujon sont libérés le .
A la Libération, Aubry entre comme directeur au Ministère des Prisonniers, Déportés et Réfugiés d'Henri Frenay. En 1947 et 1954, il est témoin aux procès Hardy. Mis en cause par les mémoires de Baumel et de Bourdet, il est défendu par son ancien patron, Chevance.
