Né à Mantes-la-Jolie en France, Harouna Sy est un joueur français d'origine senegalaise. Il est le frère de Mansour Sy (Jura Sud Foot) et du joueur professionnel Lamine Sy (SM Caen)[1]. Formé par le FC Rouen des U15 jusqu'aux U19 Nationaux inclus[2], il rejoint ensuite l'AS Poissy en CFA[2]. Il y reste deux saisons en y disputant 51 matchs[2].
Il découvre le championnat de National en signant au Red Star en juillet 2017[2] et devient même champion de France de ce niveau avec ce club. Il découvre ensuite le championnat professionnel de Ligue 2 lors de la saison 2018-2019 et joue 28 matchs dans cette division[3].
Pour la saison 2019-2020, il passe en Belgique dans le club du KSV Roulers où il joue 13 matchs avant une fracture qui le prive de terrain le reste de la saison[4]. Il revient ensuite en france et évolue à l'USL Dunkerque en Ligue 2[4],[3]. Il y devient le meilleur joueur de la saison et est convoité par le club italien de Lecce[5]. Finalement, il signe à Amiens en Ligue 2 au début de la saison 2021-2022 et dispute avec ce club une vingtaine de matchs de Ligue 2[6].
Le , Harouna Sy rejoint la Grèce en s'engageant avec le club de Volos FC qui évolue en Super League, soit l'équivalent de la Ligue 1 française[6],[7].
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