Il est choisi quatre ans plus tard comme ministre fédéral de la Défense, où il applique la controversée double décision de l'OTAN. Il est contraint de démissionner en 1982 avec l'arrivée au pouvoir d'Helmut Kohl, et conduit trois ans plus tard la campagne du SPD aux législatives locales de Berlin-Ouest. Il est très nettement battu par Eberhard Diepgen, et se retire en 1990 de la vie politique.
Deux avant la fin de ses études, en 1958, il devient secrétaire du groupe socialiste du Parlement européen. Il obtient un poste de fonctionnaire au sein de cette institution en 1962, et en a même dirigé le département chargé de la politique économique et financière, puis celui chargé de la politique des transports.
En 1993, Hans Apel est fait professeur honoraire d'économie de l'Université de Rostock. En outre, il est marié depuis 1956 à Ingrid Apel, avec qui il a deux enfants.
Parcours politique
Au sein du SPD
Il adhère au Parti social-démocrate d'Allemagne (SPD) en 1950, et est élu membre du comité directeur fédéral en 1970, où il siège pendant dix-huit ans. En outre, il fait partie de la présidence fédérale en 1984 et 1986.
Au sein des institutions
Il est élu député fédéral de Hambourg au Bundestag en 1965 et fait partie, pour les cinq années qui suivent, de la délégation ouest-allemande au Parlement européen. En 1969, il est désigné vice-président du groupe SPD et prend la présidence de la commission des Transports, des Postes et des Télécommunications.
Il est forcé de démissionner le , à la suite du renversement du gouvernement.
Fin de carrière
Revenu au Bundestag, il retrouve la vice-président du groupe SPD en 1983 et la conserve pendant cinq ans. En 1985, il mène le SPD aux élections législatives locales à Berlin-Ouest mais doit se contenter de 32 % des voix, six points de moins qu'au scrutin de 1981, contre 46 % à la CDU d'Eberhard Diepgen, au pouvoir depuis 1981 et en baisse de deux points. Il ne se représente pas aux élections fédérales de 1990 et quitte alors la vie politique.