Cet article concerne un club masculin de handball. Pour le club féminin de handball, voir FC Midtjylland Håndbold. Pour le club de football, voir FC Midtjylland.
Le HC Midtjylland est fondé en 2005, sans lien avec le club omnisports FC Midtjylland.
Alors qu'il évolue en 1. Division (D2) lors de la saison 2008/2009, le club prend part aux barrages d'accession, sans succès. La saison suivante, le club est promu dans l'élite danoise mais n'y évolue qu'une saison puisqu'il est relégué à cause d'une treizième place en 2011.
En 2018, des problèmes financiers conduisent à la liquidation judiciaire du club qui est immédiatement récréé pour évoluer en 1. Division (D2). Comme lors des saisons précédentes, le club oscille entre accessions (en 2019 et 2022) et relégations.
