En 2007, Hélder Ferreira se classe deuxième de la course en ligne et du contre-la-montre aux championnats du Portugal cadets (moins de 17 ans). L'année suivante, il se classe neuvième du Tour du Portugal juniors (moins de 19 ans).
Lors de ses quatre saisons espoirs (moins de 23 ans), il évolue au sein de divers clubs portugais. Il obtient quelques tops dix dans des courses nationales portugaises, mais également en Espagne. En 2014, il passe professionnel au sein de l'équipe continentale Efapel-Glassdrive. Il court dans cette formation durant trois ans, avant d'être recruté par la structure Louletano-Hospital de Loulé en 2017. Principalement équipier, il a participé à plusieurs éditions du Tour du Portugal.