Ses livres sont articulés sur une conception d'une histoire souterraine qui joint des événements séparés parfois de plusieurs siècles. L'exemple-type de ce traitement est donné dans le livre Lipstick Traces (éd. Allia), qui rassemble dans une même visée et un même héritage le mouvement dada, un groupe rock : les Sex Pistols qui ont lancé le mouvement punk (punk-rock), les gnostiques du début de l'ère chrétienne, les millénaristes du Moyen Âge et les situationnistes[4].
L'œuvre de Greil Marcus, se caractérise par une double vision à la fois exotérique et ésotérique des mouvements artistiques. Les liens qui relient entre eux les deux sphères : le monde et l'antimonde, représentent parfois un acte conscient, assumé par certains artistes, ou totalement inconscient comme les courants gnostiques et dadaistes, qui secouent le frêle esquif du groupe punk.
Pour Greil Marcus il existe ainsi des forces qui dépassent l'individu et qui prennent possession de son génie jusqu'à la mort et la destruction. La vision de Greil Marcus est paradoxalement inquiétante puisqu'elle-même s'appuie sur les concepts gnostiques du daemon, reprenant pour la musique, la thèse de Siegfried Kracauer dans De Caligari à Hitler : une histoire psychologique du cinéma allemand, qui démontrait l'irruption de « forces » sombres dans le cinéma allemand, forces qui seront détournées par le nazisme à venir...
Pour Marcus, ces forces obscures sont bien sûr des « archétypes » anciens qui continuent à irriguer l'histoire souterraine de l'humanité, et s'il ne peut donner une finalité morale à l'histoire dramatique du punk, il se contente, à la manière d'un médecin légiste, d'observer incrédule les stigmates sur le corps supplicié de Sid Vicious, chaman gnostique et nihiliste brûlé par un feu venu du fond des âges.
Homme de lettres, Greil Marcus aime à faire partager son savoir, c'est ainsi qu'il donne des conférences à l'image de celle organisée par les soirées nomades de la Fondation Cartier pour l'art contemporain en 2007, dans le cadre de l'exposition Rock'n'Roll 39-59[5]. Les organisateurs ont en effet invité ce spécialiste du rock'n'roll à présenter une conférence inédite sur Buddy Holly.
Dead Elvis (trad. Justine Malle), Paris, Allia, , 256 p. (ISBN2-84485-120-7)
La République Invisible : Bob Dylan et l'Amérique clandestine (1998), Éditions Denoël, 2001
Like a Rolling Stone : Bob Dylan à la croisée des chemins (2005), Éditions Galaade, 2005
L'Amérique et ses Prophètes : La république perdue ? (2006), Éditions Galaade, 2007 ; rééd. Les Belles Lettres, coll. Le goût de l'Histoire, Paris, 432 p., 2024 (ISBN978-2251456232)
Bob Dylan by Greil Marcus (2010), Éditions Galaade, 2013
Three Songs, Three Singers, Three Nations (trad. Guillaume Godard), Paris, Allia, , 160 p. (ISBN979-10-304-0861-4)
Livres non traduits
Stranded : Rock and Roll for a Desert Island (1979)
In the Fascist Bathroom : Punk in Pop Music, 1977-1992 (1993)
The Dustbin of History (1995)
Double Trouble : Bill Clinton and Elvis Presley in a Land of No Alternatives (2001)
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