Le , il est élu président du Parlement, puis démissionne le lendemain, dans un contexte où l'assemblée est divisée en factions et chaque député souhaite faire compter sa voix en faveur d'un candidat à la présidentielle[5]. Le , il est élu président du Parlement pour la deuxième fois[6]. Il appelle à une dissolution de l'assemblée, paralysée par sa division en factions politiques de taille égale, afin que puissent se tenir de nouvelles élections législatives. Lorsque sa demande n'est pas entendue, il démissionne de la présidence du Parlement le [7]. Le , il est élu à cette présidence une troisième fois, alors que le Parlement se trouve scindé en blocs et privé d'une majorité capable de gouverner[8]. Il doit alors faire face à une crise politique. Le président de la République, Sprent Dabwido, demande la dissolution du Parlement en vue de la tenue d'élections anticipées. Godfrey Thoma fait valoir que le Parlement ne peut être dissous sans un débat préalable à ce sujet. Or, les députés partisans du président, considérant que le Parlement est déjà légalement dissous, refusent de siéger, provoquant une absence de quorum, et empêchant l'assemblée de fonctionner[9]. Après plusieurs semaines d'impasse, Thoma prononce la dissolution du Parlement le [10].
Il est également ministre. Sous le Président Ludwig Scotty ( à ) il est ministre de la Justice, des Pêcheries et de l'Autorité des Ressources marines, de l'Immigration, et des Sports[11]. Sous le Président Sprent Dabwido, du au , il est ministre des Transports et ministre chargé de la Republic of Nauru Phosphate Corporation (l'entreprise publique d'exploitation du phosphate, principale ressource du pays)[12],[13].