La région est d'abord habitée par les Lenapes[2]. L'un des premiers habitants européens est John Eveland, qui y ouvre une taverne en 1760[2],[3]. La localité est d'abord appelée Eveland's Tavern, Spruce Run Mills puis Sodom[3]. Elle prend le nom de Clarksville en 1827, peu après l'ouverture d'un bureau de poste par M. Clark[2].
Le chemin de fer du Central Railroad of New Jersey atteint le bourg en 1852. Dans les années 1863, cinq frères de la famille Gardner s'installent à Clarksville pour ouvrir une usine de fabrication de chaise qui emploie jusqu'à 700 ouvriers[2]. La ville est finalement renommé Glen Gardner en 1871[2],[3], en l'honneur des frères Gardner[4]. Le terme glen fait référence à sa localisation dans un vallon du Spruce Run[2].
Glen Gardner devient un borough indépendant des townships de Bethlehem et de Lebanon le . En 1931, Glen Gardner cède une partie de son territoire à la ville voisine de Hampton[5].
Lors du recensement de 2010, la population de Glen Gardner est de 1 704 habitants[1]. Elle a presque doublé entre les années 1970 et les années 1990[2].
