Quelques semaines après qu'il prenne ses fonctions, il découvre qu'il hérite d'un déficit des comptes publics beaucoup plus élevé que les chiffres officiels présentés sous le précédent gouvernement de Nouvelle Démocratie (Grèce). Il se retrouve ainsi en première ligne de la gestion de la crise grecque et aura notamment pour rôle de négocier un plan de sauvetage européen, et l'instauration de multiples programmes d'austérité.
Face à la montée de son impopularité, il est remplacé comme ministre des finances par Evangelos Venizelos le , et est nommé ministre de l'Environnement. Reconduit par Loukás Papadímos le , son mandat prend fin le .
En , il est exclu de son parti dans le cadre du scandale dit de la « liste Lagarde ». Il aurait effacé de cette liste de détenteurs de comptes en Suisse trois noms de personnalités grecques proches de sa famille[1]. Papakonstantinou rejette formellement ces allégations[2]. En 2015, la Cour de Justice grecque va lever la plupart des charges contre lui, après qu'il était été démontré que la clé USB contenant le fichier dans lequel certain nom avaient été supprimés n'était pas la sienne, et que les personnes concernées dans la liste n'étaient pas coupable d'évasion fiscale. Il obtiendra néanmoins une sentence minime d'un an de prison avec sursis pour écart de conduite[3].
Papakonstantínou publie en un livre dans lequel il raconte la crise grecque et son rôle dans cette crise[4].
↑(en-GB) Helena Smith, « Former Greek finance minister given suspended sentence over 'Lagarde list' », The Guardian, (ISSN0261-3077, lire en ligne, consulté le )
↑(en) George Papaconstantinou, Game Over : The Inside Story of the Greek Crisis, CreateSpace Independent Publishing Platform, , 328 p. (ISBN978-1-5307-0326-5, lire en ligne)
