Diplômé en droit, Giuseppe Alberigo reçoit sa formation d'historien auprès d'Hubert Jedin puis de Delio Cantimori. Dans le domaine de la théologie, son maître est Giuseppe Dossetti.
Son œuvre majeure est sa Storia del Concilio Vaticano II, dont l'aspect moderniste a parfois choqué dans les milieux catholiques, notamment dans les colonnes de L'Osservatore Romano. Alberigo y développe une herméneutique de la discontinuité à propos de Vatican II, représentatif en cela de l'« école de Bologne », dont il est l'un des chefs de file avec Alberto Melloni(it). En dehors de l'école de Bologne, cette approche est partagée par des spécialistes tels que Christoph Theobald, John O'Malley ou Gilles Routhier.
Les Conciles œcuméniques, 2 vol., Éditions du Cerf, 1994 (décrets conciliaires en latin et traduits)
Histoire du concile Vatican II (1959-1965), 5 vol., tr. fr. 2000-2005, Paris-Louvain, Cerf-Peeters
Pour la jeunesse du christianisme : Le concile Vatican II (1959-1965), Éditions du Cerf, 2005
En italien
Giuseppe Dossetti. Un itinerario spirituale in collaborazione con Melloni Alberto, Ravignani Eugenio Edizioni Nuova Dimensione, 2006
Breve storia del concilio Vaticano II (1959-1965), edizioni Il Mulino, 2005
Papa Giovanni (1881-1963), edizioni EDB, 2000
Dalla laguna al Tevere. Angelo Giuseppe Roncalli da S. Marco a San Pietro, edizioni Il Mulino, 2000
Storia del Concilio Vaticano II [vol 4], Ed. Il Mulino, 1999
Il Concilio adulto. Il secondo periodo e la seconda intersessione (Settembre 1963-settembre 1964), Il Mulino, 1998
Il cristianesimo in Italia, Edizioni Laterza, 1997
Chiesa santa e peccatrice, Edizioni Qiqajon, 1997
Il concilio di Trento. Istanze di riforma e aspetti dottrinali in collaborazione con Scarpati Claudio, Alberigo Giuseppe Edizioni Vita e Pensiero, 1997
