Le , elle épouse à Planegg, près de Munich, Klaus Roehler(de), lui aussi écrivain. Ils divorcent après quelques années, en laissant un fils de trois ans, Oskar.
Bien que d'origine bourgeoise, elle s'oppose à cette classe, même si elle vit mal cet écartement. Elle est une sympathisante de la RDA, s'inscrit au DKP dont elle démissionne en contre les tendances présumées réformistes. Elle revient en et maintient ses positions communistes lors de la chute du mur de Berlin.
Un mélange de problèmes personnels, littéraires et de perspectives politiques la pousse à s'isoler dans son appartement. Après un évanouissement dans la rue, elle est conduite dans une clinique privée de Munich où elle se suicide le lendemain en se jetant par la fenêtre.
En 1964, pour son premier roman Les Nains-géants, Gisela Elsner reçoit le prix Formentor et se fait connaître du jour au lendemain. Son regard satirique sur le monde hypocrite de la société allemande de l'après-guerre fait sensation à l'époque. Hans Magnus Enzensberger reprend le premier chapitre dans son anthologie et la fait mieux connaître auprès du milieu littéraire.
Elsner publie de son vivant neuf romans, deux recueils de nouvelles, un recueil d'essais, trois pièces radiophoniques et un livret d'opéra. En 1991, elle se sépare de son éditeur, Rowohlt, l'accusant de détruire son œuvre. Par ailleurs, elle rejette le « ghetto littéraire » et l'étiquette de « littérature féminine ».
Après sa mort, la germaniste Christine Künzel s'efforce d'établir des œuvres complètes avec des inédits qu'elle fait publier chez Verbrecher Verlag(de). En , une société "Gisela Elsner" est fondée.
Publications
Gisela Elsner, Die Zähmung 1984
Triboll, 1956 (avec Klaus Roehler)
Die Riesenzwerge, 1964
Der Nachwuchs, 1968
Das Berührungsverbot, 1970
Herr Leiselheimer und weitere Versuche, die Wirklichkeit zu bewältigen, 1973
