Giovanni Giudici fréquente diverses écoles de Varèse, puis grâce à une bourse passe un an d'études aux États-Unis pendant l'année scolaire 1957-1958; il passe son baccalauréat classique en 1959, puis à la rentrée suivante est admis au séminaire archiépiscopal de Milan.
Il travaille d'abord au secrétariat du cardinal Giovanni Colombo, et il est aumônier assistant auprès du collège d'outremer (Collegio d'Oltremare), institution voulue par le cardinal Montini (futur Paul VI), pour accueillir les étudiants étrangers à Milan. En 1967, il commence à enseigner au séminaire archiépiscopal de Milan et en 1971, il devient aumônier de la jeunesse de l'Action catholique. En 1972, il est diplômé en lettres modernes auprès de l'université commerciale Luigi Bocconi. En 1979, il est nommé curé de la paroisse Saint'Anna Matrona de Milan et devient doyen en 1984. Le cardinal Martini le nomme vicaire épiscopal de la zone pastorale II de Varèse.
Ministère épiscopal
Jean-Paul II le nomme évêque auxiliaire de Milan, le avec le titre d'évêque titulaire d'Usula(de) ; il est sacré le suivant par le cardinal Martini[3]. Le cardinal Martini le nomme vicaire général de l'archidiocèse de Milan le .
Giovanni Giudici est nommé en novembre 2009 président du conseil national de la section italienne de l'association Pax Christi; Giovanni Ricchiuti lui succède en novembre 2014.
Il est élu en septembre 2010 membre de la commission épiscopale pour les problèmes sociaux et le travail, la justice et la paix à l'intérieur de la conférence épiscopale italienne. En outre, il est animateur du groupe Etica et Finanza (Éthique et Finance). Il donne sa démission au pape François pour raison d'âge le [6]. Corrado Sanguineti lui succède.