Il a été professeur à l'Académie des beaux-arts allemande de Dresde et membre à la fois des Académies des beaux-arts de Prusse et de Russie.
Il a épousé Hélène-Marie-Zoé Zoege von Manteuffel, une de ses anciennes élèves originaire de Reval dont il avait fait la connaissance à Munich en 1798, et qui lui a donné trois enfants : Wilhelm (né à Saint-Pétersbourg en 1802 et devenu peintre comme son père), Gerhard, né en 1806 et Adélaïde, née en 1808.
Il a été assassiné par un voleur en 1820, alors qu'il sortait de son atelier de Loschwitz pour se rendre à Dresde.
Gerd-Helge Vogel, Malerei und Zeichnungen der Brüder Gerhard von Kügelgen (1772–1820) und Karl von Kügelgen (1772–1832) aus den Sammlungen der Museen in Tallinn, Tartu und Leningrad. Katalog des Zentrums für Kunstausstellungen der DDR. Neue Berliner Galerie, Berlin, 1989.