Après la fin de la guerre, Ruggles reste au département de l'adjudant général et, de juillet 1865 à mai 1888, il occupe le poste d'adjudant général pour différents départements, dont le département de la Platte et le département du Dakota. De janvier 1889 à juillet 1891, il occupe le poste d'adjudant général au niveau de la division du Pacifique et de la division de l'Atlantique.
Il prend sa retraite en septembre 1897. En avril 1898, il est nommé gouverneur du Soldiers' Home à Washington, D.C., où il reste jusqu'en janvier 1903.
Association of Graduates, Thirty-Sixth Annual Reunion of the Association of Graduates of the United States Military Academy, Saginaw, Michigan, Seemann & Peters, , 92–98 p. (lire en ligne)