La gare de Bovigny remonterait aux origines de la ligne[1] le [2] à moins qu'elle ne datât du début des années 1870 : une pétition datant de 1870 réclamait une station à Bovigny-Courty, sur la ligne de Spa au grand-duché (jonction grand-ducale)[2].
En , la halte de Bovigny accède au statut de gare et est dotée d'installations pour le déchargement des marchandises. Un bâtiment de gare en dur, de plan type 1881 est érigé par la suite[3].
La gare, entretemps redevenue un point d'arrêt, reste desservie après l'instauration du plan IC-IR de 1984, avant de fermer aux voyageurs le [2]. En 1996, la gare est toujours utilisée par le service des marchandises avec une voie de garage, désormais disparue, où étaient déchargés des tanks et marchandises à destination de l'entrepôt de l'OTAN à Bovigny[2]. La ligne a été électrifiée en 2000 et le pont routier en briques remplacé par un pont en béton.