Il est financé par des abonnés en ligne et est le premier du genre au Japon.
Le club a passé deux saisons dans la Japan Football League avant de voir sa candidature acceptée en 2013 pour participer à la saison inaugurale de la J3 League en 2014.
En 2011, ils ont pris la deuxième place dans la série de promotion de la Ligue régionale et ont donc remporté la promotion de la Ligue japonaise de football pour la première fois, devenant ainsi le troisième représentant de la préfecture dans les ligues nationales. Ils ont ensuite abandonné le Shizuoka de leur nom et sont devenus simplement Fujieda MYFC.
En 2012, le club a terminé sa première saison dans la Ligue japonaise de football à la 11e place et a donc assuré sa place dans la division pour la saison 2013 suivante.
Après avoir terminé 13e de la Japan Football League en 2013, le club a été accepté dans la première J3 League qui a concouru en 2014. À la suite de l'acceptation du club, le joueur/manager Toshihide Saito a décidé de quitter le club.