Son père est le sacristain de l'église Saint-Magne de Füssen. Très tôt, François-Xavier ressent le désir d'être prêtre. Après l'école primaire à Füssen, il va pendant sept ans au gymnasium Saint-Étienne tenu par les bénédictins à Augsbourg. Après son abitur en 1839, il étudie la théologie et la philosophie à Munich. Après avoir rejoint les Rédemptoristes, il émigre en 1843 aux États-Unis, où il commence le noviciat dans le Maryland.
En 1844, il est ordonné prêtre dans l'église Saint-Jacques-le-Mineur(en) (St. James the Less) de Baltimore. Durant les neuf années suivantes, il officie dans la paroisse Sainte-Philomène à Pittsburgh, d'abord comme vicaire de John Neumann. En 1854, il est renvoyé à Baltimore. En 1857, il devient prêtre à Cumberland, où il tient la confession plusieurs heures par jour, puis à Annapolis en 1862.
Après les nouvelles lois sur le service militaire en 1863, Seelos demande au président Abraham Lincoln de réformer les étudiants de sa congrégation, ce qu'il obtient[3]. Après son licenciement comme préfet en 1863, il œuvre dans une dizaine d'États américains comme missionnaire charismatique. En 1866, il est installé à La Nouvelle-Orléans.
Le , François-Xavier Seelos meurt de la fièvre jaune.
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